Le secrétariat général est chargé de l'administration de la CDCA et de la COSAC. Le secrétariat général organise les réunions des conférences et des comités, en rédige les procès-verbaux et assure le flux d'informations entre la CDCA, la COSAC et d'autres conférences spécialisées du domaine de l'administration agricole, la représentation au sein de la Conférence des secrétariats des conférences intercantonales (CoSeCo) et d'autres organes de la Conférence des gouvernements cantonaux (CdC). Une partie importante et majeure du travail consiste à préparer et à rassembler les bases de décision pour la rédaction de consultations et de prises de position.
Le secrétariat général se trouve à la Maison des cantons, Speichergasse 6, 3001 Berne.
